Das Museum, das einen Gang durch die Geschichte der Insel mit Hilfe einer Vielzahl von archäologischen und künstlerischen Ausstellungsstücken vorschlägt, bietet gleichzeitig eine Besichtigung eines Klosters (17.-18. Jahrhundert) mit einem interessanten barocken Innenhof.
Das Museum von Menorca befindet sich im ehemaligen Kloster von San Francisco, erbaut (17.-18. Jahrhundert) auf den Ruinen eines früheren Klosters, das während des Angriffs der Türken auf die Stadt Maó zerstört wurde. Im 19. Jahrhundert wurde das Gebäude restauriert und ausgeweitet, obwohl die Franziskaner sich mit der Desamortisation (1835) gezwungen sahen, es zu verlassen.
Die Kirche, bestehend aus einem einzigen Kirchenschiff, das von Kreuzrippengewölben bedeckt ist und Seitenkapellen hat, ist nicht Teil des Museums. Der Weg durch die Ausstellungssäle hat als Fokus den Innenhof des Klosters, einer der bemerkenswertesten Teile der Bebauung, mit barocken und klassizistischen Elementen. Der Vorgänger des derzeitigen Museums nahm (1889) im Gebäude Principal de Guàrdia von Maó den Betrieb auf.
Es wurde damals Museum für Archäologie und Naturgeschichte genannt. Im Jahre 1978, nach mehrmaligem Wechseln des Sitzes und einer Erweiterung seiner Bestände mit denen aus dem Athenäum von Maó und aus dem Ausgrabungskommissariat, u.a., wurde es an seinen derzeitigen Standort verlegt.
Obwohl der Schwerpunkt seiner Sammlungen auf der Geschichte Menorcas liegt, mit der Frühzeit und dem 18. Jahrhundert als Schlüsselmomenten, können auch artfremde Elemente angesehen werden. Die ausgestellten Materialien umfassen archäologische, keramische, punische, hellenistische und islamische Ausstellungsstücke sowie Fotografien, Malereien und Skulpturen vom Mittelalter bis zum 20. Jahrhundert.
